Nos plateformes technologiques

L’Institut Pasteur de Lille est l’un des trois grands sites d’implantation des plateformes en Biologie et Santé de la métropole lilloise (avec le campus hospitalo-universitaire et le campus de Villeneuve d’Ascq). Nos plateformes sont gérées en partenariat avec  l’Université de Lille, le CNRS, l’Inria et l’Inserm.

Chimie, pharmacologie, transcriptomique, génomique, bio-informatique et bioanalyse, protéomique et spectrométrie de masse, résonance magnétique nucléaire, imagerie cellulaire, imagerie du vivant, ressources expérimentales… Ces outils exceptionnels, dont certains sont uniques en France, attirent des chercheurs et des collaborations industrielles de toute la France et même de l’étranger.

Ces équipements ont pour objectif d’offrir aux équipes de recherche publiques et privées une expertise unique, un ensemble complet d’outils et de compétences permettant la multiplication des collaborations.

Sur le campus de l’Institut Pasteur de Lille; deux plateformes sont labellisées IBISA et équipement d’excellence (EquipEx) et deux autres appartiennent à des laboratoires reconnus laboratoire d’excellence (LabEx). Un gage de qualité.

Génomique et maladies métaboliques EquipEx LIGAND-PM
CNRS - UMR 8199, Université de Lille 2, Institut Pasteur de Lille
Responsable :
Philippe FROGUEL
Site web :
http://ligan.good.cnrs.fr/

Génomique LIGAN-PM

La plateforme de génomique LIGAN-PM (Lille Integrated Genomics Advanced Network for personnalized medicine) a pour objectif d’offrir aux équipes de recherche publique et privée un ensemble complet d’outils et de compétences pour simplifier l’étude de la génétique, de la génomique et de la transcriptomique.

Nos solutions intégrées visent à résoudre les défis d’analyse génétique et à accélérer le rythme des découvertes. Cette plateforme labellisée IBISA regroupe un ensemble technologique de haute qualité capable de répondre à des projets (moyen/haut débit) de génotypage, de séquençage et d’analyses bioinformatiques et biostatistiques.

Laboratoire d’étude du génome

Laboratoire d’étude du génome - Genomic Analysis Laboratory
Inserm U 744, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille
Responsable :
Philippe AMOUYEL & Nathalie FIEVET-VERRECAS

Laboratoire d'étude du génome

Depuis une dizaine d'années, le laboratoire d'analyse génomique (LAG) développe les activités suivantes : la collecte, le traitement, le stockage, la gestion et la distribution d'échantillons d'origine humaine.


Le LAG est actuellement gestionnaire des échantillons sanguins de plus de 22500 sujets provenant principalement d’études épidémiologiques basées sur les thématiques malades cardiovasculaires, métaboliques et neurodégénératives

Transcriptomique et génomique appliquée - Transcriptomics and Applied Genomics Group [TAG]
Inserm U 1019, CNRS UMR 8204, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille
Responsable :
David HOT

Transcriptomique et génomique appliquée

L’équipe TAG (Transcriptomics & Applied Genomics) du Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) développe des solutions et applications de génomiques haut-débit et utilisant les technologies de microarrays et de séquençage haut-débit. Ces applications sont proposées à la communauté scientifique en répondant à des propositions de collaboration ou sous forme de services. Une expertise a été particulièrement développée pour la génomique et la transcriptomique des micro-organismes. Ainsi ont été développées des solutions de (re-)séquençage de génomes microbiens entiers afin de caractériser des souches d’étude ou des variants, des protocoles de RNA-sequencing et de ‘differential RNA-seq’ sur transcriptomes bactériens pour déterminer respectivement le niveau d’expression et la cartographie du transcriptome et enfin des approches de métagénomique par séquençage du gène de l’ARNr 16S pour les études de microbiotes bactériens.

Au-delà des aspects expérimentaux un effort particulier est placé sur le développement d’analyses bioinformatiques et biostatistiques afin de proposer les solutions d’analyse pertinentes. Cet effort passe par l’évaluation et la mise en place de protocoles et de méthodes d’analyses existants et/ou par le développement de nouveaux outils bioinformatiques. Dernièrement un protocole complet a été proposé afin d’évaluer la qualité des d’algorithmes de mapping en fonction de la qualité des séquences obtenues en sortie de séquenceur. Sur le même schéma, une étude sur les pipelines d’analyse de la diversité du microbiote par séquençage ciblé est en court de publication. Enfin un pipeline d’analyse automatique des données de (re-) séquençage de génome microbiens permettant l’extraction automatique des informations pertinentes d’un génome néo-séquencé a été mis en place.

La plateforme TAG est équipée d’un séquenceur à haut débit (PGM Ion Torrent, Life Technologies), d’un système d’isolation et de préparation de librairie au départ de cellule unique (C1 Single Cell Fluidigm) et des solutions intégrées pour travailler les microarrays Agilent Technologies (SureScan) et Illumina (iScan). Une série de petits équipements permettant la quantification et qualification des acides nucléiques vient compléter le parc (BioAnalyzer, Nanodrop, Thermocycleurs, …).


Chimie des peptides

La plateforme chimie des peptides s’intéresse tout particulièrement au développement académique et aux collaborations industrielles pour le développement des peptides thérapeutiques et des protéines.

La chimie des peptides offre deux zones d’expertises complémentaires La première concerne la synthèse et caractérisation des peptides et protéines. L’utilisation de nouveaux peptides innovants provenant de la chimie donne un accès aux différents complexes et échafaudages de celles-ci  (cycles, ramifications, polycycles…) ou encore comprendre grâce à un contrôle au compte gouttes d’atomes constituant la structure de  petites protéines.

La chimie des systèmes biologiques facilite l’utilisation des automates pour la synthèse des peptides et protéines utilisées en librairies et en projection.

La deuxième expertise complémentaire concerne l’étude des peptides et des protéines basée sur un éventail de biochimie, biophysiques, cellules et modèles in vivo.

Chimie des peptides - Peptide Chemistry, Systems, Biology
CNRS UMR 8161, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille 1 et Lille 2.
Responsable :
Oleg MELNYK
Site web de la palteforme : csb.cnrs.fr

Plateau Plateforme de Protéomique et Peptides Modifiés (P3M)

La Plateforme de Protéomique et Peptides Modifiés (P3M) met à disposition des équipes de recherche du LabEx ParaFrap, du Centre d’Infection et Immunité de Lille (CIIL) et plus largement aux laboratoires publics ou privés nationaux et internationaux, les technologies performantes les plus récentes d’analyses protéomiques et de caractérisation des protéines.

La plateforme a été créée sous l’impulsion du LabEx ParaFrap (Alliance Française contre les Maladies Parasitaires) grâce à un soutien financier du PIA et du FEDER. Elle est rattachée au CIIL (INSERM U1019 - CNRS UMR 8204), est gérée par l’Institut Pasteur de Lille, avec le soutien du CNRS et s’intègre dans la coordination des Plateformes Biologie et Santé de Lille (Université de Lille, Inserm, CNRS, IPL). 

Plateau Plateforme de Protéomique et Peptides Modifiés (P3M)
INSERM U1019 - CNRS UMR 8204 - Université de Lille, Institut Pasteur de Lille
Contact :
Jean Michel SALIOU


Deprezlab

HTS & Pharmacocinétique

Criblage à haut débit

Plateforme regroupant une chimiothèque et tous les outils de criblage à haut débit (à l’exception des techniques basées sur l’imagerie confoncale à haut débit qui sont disponibles sur la plateforme d’imagerie microscopique).

Pharmacocinétique

Plateforme permettant de caractériser qualitativement et quantitativement le devenir des principes actifs expérimentaux chez les modèles in vivo.

Criblage à haut débit & Pharmacocinétique
ADME-PK screening lab, Inserm U 1177, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille
Responsable : Benoit DEPREZ
Accès au site de la palteforme :
http://www.deprezlab.fr

Résonance magnétique nucléaire (RMN)

La plateforme de Résonance magnétique nucléaire (RMN) permet d’étudier des échantillons sur base de leurs propriétés magnétiques. Des spectromètres 300 et 600 MHz sont disponibles sur le campus Pasteur-Lille. La plateforme mène des projets dans le domaine de la biologie et de la chimie. La RMN permet de caractériser des macromolécules biologiques et des médicaments.

Dans ce dernier cas, la sonde cryogénique du spectromètre 600MHz, capable de détecter le Fluor, offre un intérêt particulier. Le criblage de petites molécules d’intérêt thérapeutique est effectué à l’aide d’un passeur d’échantillon qui équipe le 600MHz. L’étude RMN de la protéine neuronale Tau dans le contexte de la maladie d’Alzheimer permet de mettre en évidence des formes pathologiques de la protéine.

Résonance magnétique nucléaire - Nuclear Magnetic Resonance
CNRS UMR 8576, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille
Responsable :
Guy LIPPENS

Imagerie - Cytométrie cellulaire et tissulaires

Imagerie - Cytométrie cellulaire et tissulaires

Depuis 2010, le BioImaging Center Lille-Nord de France (BICeL) a permis un meilleur soutien à la recherche en Région grâce à une structuration fédérant les plates-formes d’imagerie cellulaire et tissulaire du campus hospitalo-universitaire (CHRU-Lille2), de l’Université des Sciences et Technologies de Lille 1 (campus Lille 1) et des Instituts Pasteur de Lille et de Biologie de Lille (campus Pasteur).

Cette structure, grâce à la forte implication des personnels des trois sites, a bénéficié d’une forte reconnaissance nationale au travers de l’obtention en 2010 du label GIS-IBISA et en 2011 l’obtention d’un PIA-EquipEx ImagInEx BioMed (en Rang 1) soutenu par le Fond Européen de Développement Régional (FEDER) mis en œuvre par le Conseil Régional Nord Pas-de-Calais.

BioImaging Center Lille - Nord de France
CUE Nord de France, Universités de Lille 1, Lille2, CNRS, INSERM, Institut Pasteur de Lille, CHRU
Responsable :
Frank LAFONT
Accès au site de BICEL : http://www.bicel.org