Biologie chimique des antibiotiques

INSERM U1019 – CNRS UMR9017 – Université de Lille – CHU Lille – Institut Pasteur de Lille

biologie chimique des antibiotiques

Présentation

La (multi) résistance aux antibiotiques est un problème de santé mondial important et croissant, en particulier pour la tuberculose et de nombreuses infections bactériennes nosocomiales. L’Organisation mondiale de la santé a proclamé que la recherche et le développement de médicaments pour lutter contre ces bactéries résistantes aux médicaments sont d’une priorité essentielle. L’équipe CBA développe plusieurs stratégies visant à lutter contre les bactéries résistantes aux antibiotiques. L’objectif est de découvrir et de développer de nouveaux antibiotiques et de mettre en place des stratégies innovantes capables d’améliorer la pénétration des antibiotiques dans les bactéries.

Actus

L’équipe CBA cherche à découvrir de nouveaux antibiotiques et à en optimiser l’efficacité, notamment en améliorant leur pénétration dans les bactéries. Plusieurs programmes de recherche sont développés en parallèle :

  • ANTIBIOCLICKS: Ce programme étudie une nouvelle technologie « bioinspirée » qui permet de conjuguer des molécules entre elles d’une manière nouvelle, dans le but de connecter ou vectoriser des antibiotiques aux sidérophores (appelée sidéromycine) pour améliorer leur pénétration dans les bactéries  (cheval de Troie). L’équipe cible particulièrement   les bactéries Gram-négatives  et le bacille tuberculeux (Mycobactérium Tuberculosis). ANTIBIOCLICKS est un programme de recherche soutenu par le Conseil européen de la recherche (ERC-consolidator Grant, porteur Rubel Hartkoorn).
  • EFFORT : Ce programme de recherche collaboratif franco-allemand vise à développer une nouvelle classe d’inhibiteurs de la pompe à efflux d’antibiotiques des bactéries à Gram négatif. Ces pompes permettent aux bactéries d’éliminer les antibiotiques et représentent donc un obstacle majeur au traitement. Le consortium EFFORT développe une classe nouvellement découverte d’inhibiteurs de cette pompe à efflux. Les partenaires du consortium EFFORT sont des experts en chimie médicinale (Pr M. Flipo, U1177), en pompes à efflux bactériens et en biologie structurale / fonctionnelle (Pr. M. Pos, Université de Francfort, Allemagne) et en cryo-tomographie électronique (Pr. A. Frangakis , Université de Francfort, Allemagne). Le consortium EFFORT est financé par un appel à projets international – français (ANR) et allemand (FRDE) sur la résistance aux antimicrobiens.
  • NL4TB / SMART-lab : L’équipe développe une nouvelle classe de molécules antituberculeuses très puissantes découvertes dans l’équipe. En collaboration avec l’équipe de chimie médicinale U1177 (Pr. Willand et Pr B. Villemagne), les chercheurs tentent d’optimiser l’efficacité de ces drogues. Ce travail a été soutenu par ATIP-Avenir, le SMART-Lab (partenariat public privé) et CTRL-CPER.
  • ProActiv. Ce programme de recherche vise à exploiter le métabolisme bactérien pour les forcer à activer des antibiotiques pro-drogues inactifs. La preuve de concept étant déjà obtenue, la recherche se concentre désormais sur la compréhension et l’exploitation de ces résultats pour une application clinique potentielle. Il s’agit d’un programme de recherche collaboratif avec des membres de l’U1177 (Pr. N. Willand) et des membres du CIIL (Dr. A. Baulard et Dr. R. Antoine) et soutenu par le CPER-CTRL.

Membres

Ruben HARTKOORN
CR Inserm, responsable d’équipe
Numéro ORCID : 0000-0001-7315-1553

Elizabeth PRADEL
Chargée de recherche, CR INSERM
Numéro ORCID : 0000-0003-3563-9325


Thibault CARADEC
Post-doc

Sushovan DAM
Post-doc

Juan-Carlos JIMENEZ-CASTELLANOS
Post-doc

Ravil PETROV
Post-doc

Eva DESMECHT
Technicienne IPL

Publications

Valderrama K, Pradel E, Firsov AM, Drobecq H, Bauderlique-le Roy H, Villemagne B, Antonenko YN, Hartkoorn RC. (2019)
Pyrrolomycins Are Potent Natural Protonophores.
Antimicrob Agents Chemother. Sep 23;63(10)

Singh V, Dhar N, Pató J, Kolly GS, Korduláková J, Forbak M, Evans JC, Székely R, Rybniker J, Palčeková Z, Zemanová J, Santi I, Signorino-Gelo F, Rodrigues L, Vocat A, Covarrubias AS, Rengifo MG, Johnsson K, Mowbray S, Buechler J, Delorme V, Brodin P, Knott GW, Aínsa JA, Warner DF, Kéri G, Mikušová K, McKinney JD, Cole ST, Mizrahi V, Hartkoorn RC.(2017)
Identification of aminopyrimidine-sulfonamides as potent modulators of Wag31-mediated cell elongation in mycobacteria.
Mol Microbiol. 2017 Jan; 03(1):13-25.

Hartkoorn RC, Uplekar S, Cole ST (2014).
Cross-resistance between Clofazimine and Bedaquiline through Up-regulation of MmpL5 in Mycobacterium tuberculosis.
Antimicrob Agents Chemother 58(5):2979-81

Hartkoorn RC, Pojer F, Read JA, Gingell H, Neres J, Horlacher OP, Altmann KH, Cole ST (2014).
Pyridomycin bridges the NADH- and substrate-binding pockets of the enoyl reductase InhA.
Nat Chem Biol 10:  96–98

Hartkoorn RC, Sala C, Neres J, Pojer F, Magnet S, Mukherjee R, Uplekar S, Boy-Rottger S, Altmann KH, Cole ST (2012).
Towards a new tuberculosis drug: pyridomycin – nature’s isoniazid.
EMBO Mol Med 4: 1032-1042


Mots-clés

Antibiotiques ; Résistance aux antibiotiques ; Développement de drogues ; Pompes à efflux ; Sidéromycine

Contact équipe

Ruben Hartkoorn
Responsable de groupe

ruben.hartkoorn@inserm.fr