Laboratoire de Transcriptomique et de Génomique appliquée

Unité Mixte de Service – Plateformes Lilloises en Biologie & Santé (UMS2014 US4)

Transcriptomique et génomique appliquée

Présentation

Le laboratoire de Transcriptomique et de Génomique Appliquée (TAG : Transcriptomic & Applied Genomic) est une plateforme technologique de l’Institut Pasteur de Lille spécialisée en génomique. Son expertise est basée sur l’utilisation et le développement d’applications issues des dernières technologies de séquençage à haut-débit. TAG est l’une des 2 plateformes constituant le réseau GO@L (Genomic at Lille), labellisé IBiSA et appartenant à l’Unité Mixte de Service PLBS (Plateforme Lilloise en Biologie & Santé) UMS2014 US41.

TAG a développé une expertise reconnue en matière de génomique des microorganismes et de leurs impacts sur la santé humaine. Les savoir-faire ont été développés autour de 3 axes principaux : (i) l’étude, par approche métagénomique,  des flores microbiennes (principalement bactériennes), de leur composition et de leur évolution, (ii) l’étude de la génomique des microorganismes à l’échelle de leurs génomes entiers afin de déterminer, étudier et suivre leurs caractéristiques et enfin (iii) l’étude de l’expression transcriptomique des génomes microbiens et des organismes modèles utilisés en microbiologie.

TAG interagit principalement sous forme de collaboration avec les acteurs lillois de la recherche en biologie & santé et développe également des solutions et outils analytiques et les met en application au travers de sujets d’étude propres.

TAG est l’une des deux plateformes constitutives de GO@L (Genomics at Lille), réseau labélisé par l’Infrastructure en Biologie Sante et Agronomie (GIS IBiSA).  TAG fait partie de l’Unité Mixte de Services PLBS -UMS 2014 – US 41.

Actus

  • Janvier 2021 : Labélisation de GO@L, alliance de TAG et de la plateforme de génomique fonctionnelle et structurale (Univ. Lille, CHU de Lille), par l’Infrastructure en Biologie Sante et Agronomie (GIS IBiSA).
  • Mise en place d’un protocole de séquençage et assemblage de génome entier de coronavirus au départ d’échantillons de patients. Développement d’un outil d’assemblage sans référence V-ASAP (Virus Amplicon Sequencing Assembly Pipeline).
  • Développement d’un pipeline d’analyse automatique de séquençage de génome entier : MICRA (Microbial Identification and Characterization through Reads Analysis).

Projet transversal

  H2020-SC1-BHC. Acronyme : FAIR

Flagellin Aerosol Therapy as an Immunomodulatory Adjunct to the Antibiotic Treatment of Drug-Resistant Bacterial Pneumonia. En collaboration avec JC Sirard (Centre d’Infection & d’Immunité de Lille).

Membres

David HOT
Directeur d’équipe

Ségolène CABOCHE
Ingénieur de Recherche Bioinformatique

Delphine BEURY
Ingénieure Biologie Moléculaire

Florence MAURIER
Ingénieure Bioanalyse

Cécile LECOEUR
Ingénieure de Recherche Biostatistique

Yasmina MESLOUB
Ingénieure Bioanalyse

Myriam DELACRE
Technicienne Biologie Moléculaire

Publications

Ayari A, Rosa-Calatrava M, Lancel S, Barthelemy J, Pizzorno A, Mayeuf- Louchart A, Baron M, Hot D, Deruyter L, Soulard D, Julien T, Faveeuw C, Molendi-Coste O, Dombrowicz D, Sedano L, Sencio V, Le Goffic R, Trottein F, Wolowczuk I.
Influenza infection rewires energy metabolism and induces browning features in adipose cells and tissues.
Commun Biol. 2020 May 14;3(1):237. doi: 10.1038/s42003-020-0965-6. PMID: 32409640; PMCID: PMC7224208.

Maurier F, Beury D, Fléchon L, Varré JS, Touzet H, Goffard A, Hot D, Caboche S.
A complete protocol for whole-genome sequencing of virus from clinical samples: Application to coronavirus OC43.
Virology. 2019 Mar 9; 531:141-148. doi: 10.1016/j.virol.2019.03.006. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 30878524.

Caboche S, Even G, Loywick A, Audebert C, Hot D.
MICRA: an automatic pipeline for fast characterization of microbial genomes from high-throughput sequencing data.
Genome Biol. 2017 Dec 19;18(1):233. doi: 10.1186/s13059-017-1367-z. PubMed PMID: 29258574; PubMed Central PMCID: PMC5738152.

Amman F, D’Halluin A, Antoine R, Huot L, Bibova I, Keidel K, Slupek S, Bouquet P, Coutte L, Caboche S, Locht C, Vecerek B, Hot D.
Primary transcriptome analysis reveals importance of IS elements for the shaping of the transcriptional landscape of Bordetella pertussis.
RNA Biol. 2018 May 18:1-9. doi: 10.1080/15476286.2018.1462655. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 29683387.

Siegwald L, Touzet H, Lemoine Y, Hot D, Audebert C, Caboche S.
Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics.
PLoS One. 2017 Jan 4;12(1):e0169563. doi: 10.1371/journal.pone.0169563. PubMed PMID: 28052134; PubMed Central PMCID: PMC5215245.

Mots-clés

Génomique microbienne ; Transcriptomique ; Séquençage haut débit

Contact d’équipe

David Hot
Directeur d’équipe

david.hot@pasteur-lille.fr
03 20 87 72 09