Plateforme LIGAN – Médecine personnalisée

UMR 1283 / 8199

plateforme ligan pasteur lille

Présentation

Installée dans les locaux d’EGID sur le site du CHU de Lille, la plateforme lilloise LIGAN-Médecine Personnalisée est dédiée au séquençage de nouvelle génération et à la génomique de pointe. L’utilisation de nos séquenceurs à haut débit et de notre plateforme de génotypage est dédiée à la médecine de précision. Elle est par ailleurs ouverte à toutes les applications de génétique et génomique quel que soit l’organisme. Elle inclut plusieurs séquenceurs Illumina (MiSeq, NextSeq, NovaSeq), de multiples robots pour la préparation de librairies, un plateau dédié au génotypage et d’autres appareils de pointe de génétique et génomique (tels que NanoString).

La plateforme comprend plusieurs groupes :

  • un groupe dédié à la biobanque, pour la réception des échantillons, les extractions d’ADN et d’ARN, et le stockage des échantillons,
  • un groupe dédié au séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le développement et l’application des protocoles,
  • un groupe dédié au génotypage par puce à ADN pour les analyses de méthylation et d’association pangénomique (GWAS),
  • un groupe dédié à la bioinformatique,
  • un groupe dédié à la biostatistique,
  • un groupe dédié au management des ressources informatiques afin de gérer les analyses bioinformatiques/biostatistique et de stoker les données générées,
  • un groupe dédié à la cellule qualité.

Site internet : http://ligan.good.cnrs.fr

Actus

  • La plateforme a été certifiée ISO15189 (Laboratoire de Biologie Médicale) qui lui permet de rendre des diagnostics génétiques basés sur un séquençage d’exome entier ou un séquençage de génome entier. La plateforme a initialement été financée par un Equipement d’Excellence (EquipEx). Au-delà des demandes de diagnostics génétiques, la plateforme est ouverte aux demandes de laboratoires académiques et privés, reliées à la génétique et à la génomique dans n’importe quel organisme.

Membres

Amélie BONNEFOND
DR Inserm, responsable de la plateforme et pilote du post-analytique

Frederic ALLEGAERT
AI, Biobanque

Souhila AMANZOUGARENE
IE, Bioinformatique

Anne-Sophie ANTOINE
AI, Assistante LIGAN

Alaa BADREDDINE
IE, Bioinformatique

Lionel BERBERIAN
IE, Bioinformatique

Mathilde BOISSEL
IE, Biostatistique

Raphaël BOUTRY
AI, Technique séquençage

Mickaël CANOUIL
IE, Biostatistique

Hélène DE GRAVE
IE, RH

Aurélie DECHAUME
IE, Technique séquençage

Fabien DELAHAYE
Postdoc, expertise single-cell

Marion DELBARRE
IE, Celulle Qualité ISO1589 et Technique séquençage

Mehdi DERHOURHI
IR, Bioinformatique

Julien DEROP
IE, Celulle Qualité ISO1589, Technique séquençage, Responsable technico-commercial

Emmanuelle DURAND
IE, Technique séquençage

Philippe FROGUEL
PU-PH, CHU Lille, directeur d’unité

Corentin GIRARD
AI, Celulle Qualité ISO1589

Mélanie HOCQUET
Secrétaire, RH

Nicolas KUREZOBA
Technicien, Achat

Anne-Sophie LEDOUX
IE, Informatique

Hélène LOISELLE
AI, Technique séquençage

Vincent MASSY
IE, Informatique

Lijiao NING
IE, Biostatistique

Bénédicte TOUSSAINT
IE, Technique séquençage

Emmanuel VAILLANT
IE, Technique séquençage

Nicolas VANEECHOUTTE
IE, Informatique

Vincent VATIN
AI, Achat

Martine VAXILAIRE
DR Pasteur Lille, co-pilote post-analtytique

Publications

Bonnefond A, Boissel M, Bolze A, Durand E, Toussaint B, Vaillant E, Gaget S, Graeve F, Dechaume A, Allegaert F, Guilcher DL, Yengo L, Dhennin V, Borys JM, Lu JT, Cirulli ET, Elhanan G, Roussel R, Balkau B, Marre M, Franc S, Charpentier G, Vaxillaire M, Canouil M, Washington NL, Grzymski JJ, Froguel P.
Pathogenic variants in actionable MODY genes are associated with type 2 diabetes.
Nat Metab. 2020 Oct;2(10):1126-1134.

Baron M, Maillet J, Huyvaert M, Dechaume A, Boutry R, Loiselle H, Durand E, Toussaint B, Vaillant E, Philippe J, Thomas J, Ghulam A, Franc S, Charpentier G, Borys JM, Lévy-Marchal C, Tauber M, Scharfmann R, Weill J, Aubert C, Kerr-Conte J, Pattou F, Roussel R, Balkau B, Marre M, Boissel M, Derhourhi M, Gaget S, Canouil M, Froguel P, Bonnefond A.
Loss-of-function mutations in MRAP2 are pathogenic in hyperphagic obesity with hyperglycemia and hypertension.
Nat Med. 2019 Nov;25(11):1733-1738.

Saeed S, Bonnefond A, Tamanini F, Mirza MU, Manzoor J, Janjua QM, Din SM, Gaitan J, Milochau A, Durand E, Vaillant E, Haseeb A, De Graeve F, Rabearivelo I, Sand O, Queniat G, Boutry R, Schott DA, Ayesha H, Ali M, Khan WI, Butt TA, Rinne T, Stumpel C, Abderrahmani A, Lang J, Arslan M, Froguel P.
Loss-of-function mutations in ADCY3 cause monogenic severe obesity.
Nat Genet. 2018 Feb;50(2):175-179.

Juge PA, Borie R, Kannengiesser C, Gazal S, Revy P, Wemeau-Stervinou L, Debray MP, Ottaviani S, Marchand-Adam S, Nathan N, Thabut G, Richez C, Nunes H, Callebaut I, Justet A, Leulliot N, Bonnefond A, Salgado D, Richette P, Desvignes JP, Lioté H, Froguel P, Allanore Y, Sand O, Dromer C, Flipo RM, Clément A, Béroud C, Sibilia J, Coustet B, Cottin V, Boissier MC, Wallaert B, Schaeverbeke T, Dastot le Moal F, Frazier A, Ménard C, Soubrier M, Saidenberg N, Valeyre D, Amselem S; FREX consortium, Boileau C, Crestani B, Dieudé P.  
Shared genetic predisposition in rheumatoid arthritis-interstitial lung disease and familial pulmonary fibrosis.
Eur Respir J. 2017 May 11;49(5):160231

Louis-Dit-Picard H, Barc J, Trujillano D, Miserey-Lenkei S, Bouatia-Naji N, Pylypenko O, Beaurain G, Bonnefond A, Sand O, Simian C, Vidal-Petiot E, Soukaseum C, Mandet C, Broux F, Chabre O, Delahousse M, Esnault V, Fiquet B, Houillier P, Bagnis CI, Koenig J, Konrad M, Landais P, Mourani C, Niaudet P, Probst V, Thauvin C, Unwin RJ, Soroka SD, Ehret G, Ossowski S, Caulfield M; International Consortium for Blood Pressure (ICBP), Bruneval P, Estivill X, Froguel P, Hadchouel J, Schott JJ, Jeunemaitre X.  
Shared genetic predisposition in rheumatoid arthritis-interstitial lung disease and familial pulmonary fibrosis.
Nat Genet. 2012 Mar 11;44(4):456-60, S1-3.


Mots-clés

Séquençage de nouvelle génération ; Génotypage ; Puce à ADN ; ISO15189 ; Bioinformatique ; Biostatistique ; Diagnostic génétique ; Maladies rares ; Génomique ; Épigénétique ; Épitranscriptomique ; Séquençage du génome entier ; Séquençage de l’exome entier ; RNA-seq ; ChIP-seq ; HiC ; Méthylation ; Single-cell ; Étude d’association pangénomique

Contact d’équipe

Amélie Bonnefond
Responsable de la plateforme

amelie.bonnefond@inserm.fr
03 74 00 81 18