Bioinformatique, bioanalyse et biostatistique (Bilille)
Plateformes Lilloises en Biologie & Santé – PLBS – UMS 2014 – US 41
Présentation
Bilille fait partie de l’Unité Mixte de Services PLBS -UMS 2014 – US 41. Bilille est également membre de l’Institut Français de Bioinformatique.
Sa localisation est répartie sur trois sites: Cité Scientifique, campus Hospitalo-Universitaire et campus Pasteur Lille.
La plateforme possède une expertise transverse et diversifiée. Le périmètre scientifique couvre notamment :
- L’analyse de données omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, métagénomique, épigénétique, …)
- L’annotation de séquences
- La phylogénie
- La biologie des systèmes
- La bioinformatique structurale
- La biologie intégrative
- L’analyse de données de criblage à haut contenu
- L’analyse de données d’imagerie
Les missions de la plateforme prennent plusieurs formes :
- Support aux projets scientifiques des unités utilisatrices
- Développement de pipelines d’analyse et de bases de données
- Formation
- Mise à disposition de moyens de calcul à haute performance
- Animation scientifique et technologique
Actus
- Nouvelle co-direction technique de Bilille depuis le 1er janvier 2021 avec le recrutement de Pierre Pericard (Univ. de Lille) et Jimmy Vandel (CNRS).
- Le projet d’EquipEx+ MuDiS4LS porté par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) a été sélectionné le 18 décembre 2020. Bilille en tant que plateforme membre de l’IFB est partenaire de ce projet.
Projets transversaux
EquipEx+ MuDiS4LS (Mutualised Digital Space for Life Sciences)
Développer un cadre pour orchestrer les flux de données biologiques, de leur source à leur diffusion publique via des référentiels nationaux ou internationaux, tout en assurant leur sûreté lors des phases intermédiaires d’analyse et d’exploitation.
Projet H2020 FAIR
Tirer parti d’une thérapie par aérosol à la flagelline comme adjuvant immunomodulateur au traitement antibiotique de la pneumonie bactérienne pharmacorésistante (JC Sirard, CIIL).
Membres
Guillemette MAROT
MCU, Univ Lille, responsable scientifique
Pierre PERICARD
Ingénieur de recherche, Univ Lille, co-responsable technique
Jimmy VANDEL
Ingénieur de recherche, CNRS, co-responsable technique
Franck BONARDI
Ingénieur d’étude, IPL
Maxime BRUNIN
Ingénieur de recherche, Univ Lille
Clémentine CAMPART
Ingénieure d’étude, Univ Lille
Estelle CHATELAIN
Ingénieure d’étude, Univ Lille
Loïc COUDERC
Ingénieur d’étude, Univ Lille
Marie FOURCOT
Ingénieure d’étude, Univ Lille
Isabelle GUIGON
Ingénieure de recherche, Univ Lille
Publications
Khelifa A.S., Guillen Sanchez C., Lesage K.M., et al.
TgAP2IX-5 is a key transcriptional regulator of the asexual cell cycle division in Toxoplasma gondii.
Nat. Commun. 12, 116 (2021). doi.org/10.1038/s41467-020-20216-x
Audebert C., Bonardi F., Caboche S., et al.
Genetic basis for virulence differences of various.
Scientific Reports 10(1):7316 (2020). doi.org/10.1038/s41598-020-64370-0
Guigon I., Legrand S., Berthelot JF., et al.
miRkwood: a tool for the reliable identification of microRNAs in plant genomes.
BMC Genomics 20, 532 (2019). doi.org/10.1186/s12864-019-5913-9
Cuvelliez M., Vandewalle V., Brunin M., et al.
Circulating proteomic signature of early death in heart failure patients with reduced ejection fraction.
Scientific Reports 9:19202 (2019). doi.org/10.1038/s41598-019-55727-1
Pericard P., Dufresne Y., Couderc L., et al.
MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes.
Bioinformatics 15;34(4):585-591 (2018). doi.org/10.1093/bioinformatics/btx644
Mots-clés
Bioinformatique ; Apprentissage statistique ; Apprentissage automatique ; Bioanalyse ; Multi-omiques ; Pipeline d’analyse ; Base de données ; Annotation de séquences
Contact équipe
Guillemette Marot
MCU, responsable scientifique de Bilille
bilille@univ-lille.fr
03 20 62 68 32 (Faculté de médecine)
03 59 57 79 77 (Inria)