Bioinformatique, bionalayse et biostatistique de Lille (Bilille)

Plateformes Lilloises en Biologie & Santé – PLBS – UMS 2014 – US 41

Plateforme Bilille Pasteur Lille

Présentation

Bilille est la plateforme de bioinformatique de Lille au sein de l’UMS 2014 – US 41 “Plateformes Lilloises en Biologie et Santé”. Bilille est également membre de l’Institut Français de Bioinformatique.

Sa localisation est répartie sur trois sites: Cité Scientifique, campus Hospitalo-Universitaire et campus Pasteur Lille.

La plateforme possède une expertise transverse et diversifiée. Le périmètre scientifique couvre notamment :

  • L’analyse de données omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, métagénomique, épigénétique, …)
  • L’annotation de séquences
  • La phylogénie
  • La biologie des systèmes
  • La bioinformatique structurale
  • La biologie intégrative
  • L’analyse de données de criblage à haut contenu
  • L’analyse de données d’imagerie

Les missions de la plateforme prennent plusieurs formes :

  • Support aux projets scientifiques des unités utilisatrices
  • Développement de pipelines d’analyse et de bases de données,
  • Formation
  • Mise à disposition de moyens de calcul à haute performance
  • Animation scientifique et technologique

Bilille fait partie de l’Unité Mixte de Services PLBS -(UMS) 2014 -– US 41 et est membre de l’Institut Français de Bioinformatique.

Actus

  • Nouvelle co-direction technique de Bilille depuis le 1er janvier 2021 avec le recrutement de Pierre Pericard (Univ. de Lille) et Jimmy Vandel (CNRS).
    • Le projet d’EquipEx+ MuDiS4LS porté par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) a été sélectionné le 18 décembre 2020. Bilille en tant que plateforme membre de l’IFB est partenaire de ce projet.

    Projets transversaux

      EquipEx+ MuDiS4LS (Mutualised Digital Space for Life Sciences) 

    Développer un cadre pour orchestrer les flux de données biologiques, de leur source à leur diffusion publique via des référentiels nationaux ou internationaux, tout en assurant leur sûreté lors des phases intermédiaires d’analyse et d’exploitation.

      Projet H2020 FAIR

    Tirer parti d’une thérapie par aérosol à la flagelline comme adjuvant immunomodulateur au traitement antibiotique de la pneumonie bactérienne pharmacorésistante (JC Sirard, CIIL).

    Membres

    Guillemette MAROT
    MCU, Univ Lille, responsable scientifique

    Pierre PERICARD
    Ingénieur de recherche, Univ Lille, co-responsable technique

    Jimmy VANDEL
    Ingénieur de recherche, CNRS, co-responsable technique

    Franck BONARDI
    Ingénieur d’étude, IPL

    Maxime BRUNIN
    Ingénieur de recherche, Inria

    Clémentine CAMPART
    Ingénieure d’étude, Univ Lille

    Estelle CHATELAIN
    Ingénieure d’étude, Univ Lille

    Loïc COUDERC
    Ingénieur d’étude, Univ Lille

    Marie FOURCOT
    Ingénieure d’étude, Univ Lille

    Isabelle GUIGON
    Ingénieure de recherche, Univ Lille

    Publications

    Khelifa A.S., Guillen Sanchez C., Lesage K.M., et al.
    TgAP2IX-5 is a key transcriptional regulator of the asexual cell cycle division in Toxoplasma gondii.
    Nat. Commun. 12, 116 (2021). doi.org/10.1038/s41467-020-20216-x

    Audebert C., Bonardi F., Caboche S., et al.
    Genetic basis for virulence differences of various.
    Scientific Reports 10(1):7316 (2020). doi.org/10.1038/s41598-020-64370-0

    Guigon I., Legrand S., Berthelot JF., et al.
    miRkwood: a tool for the reliable identification of microRNAs in plant genomes.
    BMC Genomics 20, 532 (2019). doi.org/10.1186/s12864-019-5913-9

    Cuvelliez M., Vandewalle V., Brunin M., et al.
    Circulating proteomic signature of early death in heart failure patients with reduced ejection fraction.
    Scientific Reports 9:19202 (2019). doi.org/10.1038/s41598-019-55727-1

    Pericard P., Dufresne Y., Couderc L., et al.
    MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes.
    Bioinformatics 15;34(4):585-591 (2018). doi.org/10.1093/bioinformatics/btx644

    Mots-clés

    Bioinformatique ; Apprentissage statistique ; Apprentissage automatique ; Bioanalyse ; Multi-omiques ; Pipeline d’analyse ; Base de données ; Annotation de séquences

    Contact équipe

    Guillemette Marot
    MCU, responsable scientifique de Bilille

    bilille@univ-lille.fr
    03 20 62 68 32 (Faculté de médecine)
    03 59 57 79 77 (Inria)