Plateforme Ariadne : Criblage à Haut débit et Haut contenu

Plateformes Lilloises en Biologie & Santé – PLBS – UMS 2014 – US 41

Plateforme Ariadne Pasteur Lille

Présentation

La plateforme ARIADNE-criblage comprend deux infrastructures de criblage de petites molécules et de siARN, toutes deux localisées sur le campus de l’Institut Pasteur de Lille:

  • Le premier système, dédié au HTS (criblage à haut débit), permet une automatisation des criblages et une lecture multimodale.
  • Le deuxième système robotisé de HCS (criblage à haut contenu et à haut débit) permet de réaliser des criblages cellulaires multiparamétriques, basés sur la détection de photons.

 

Savoir-faire et services proposés :

La plateforme regroupe un ensemble d’expertises, de savoir-faire et d’équipements dédiés au criblage de perturbateurs biologiques tels que des petites molécules chimiques ou des librairies de siARN. La chaine d’équipements permet l’automatisation complète ou partielle des étapes de criblage, depuis la mise en plaque des perturbateurs provenant de chimiothèques ou de siRNA-thèque, jusqu’à la lecture de résultats. Le savoir-faire et la technicité des personnels permettent le développement de tests haut-débit miniaturisés (plaques 96, 384 puits) et automatisés pour le criblage in vitro, in bacterio, ou in cellulo, sur cibles ou phénotypique. ARIADNE bénéficie de l’accès à des chimiothèques, notamment la chimiothèque régionale d’environ 200.000 molécules chimiques, de banques de siARN, de miARN. La plateforme possède également une expertise de marquage de cellules pour la domiciliation cellulaire, sur les approches CRISPR Cas9.

Les équipements sont localisés dans des laboratoires de sécurité biologique de niveau 1 à 3. ARIADNE-HTS en LNSB1 permet la gestion des librairies et le criblage à haut débit sur des lecteurs de plaques multimodes (avec des mesures en fluorescence, luminescence, absorbance …).  ARIADNE-HCS, issu de l’Equipex ImagInEx BioMed, repose sur la technique de microscopie confocale automatisée. Un premier système d’imagerie (IN cell Analyzer 6000 GE Healthcare) est entièrement automatisé en LNSB2. Un second système (Opera® HCS System-PerkinElmer) est disponible en LNSB3. Cette technologie dite “non destructrice” autorise le suivi dans le temps du même échantillon à la fois à court terme (phénomènes dynamiques) et à long terme (cinétique) et permet de mesurer plusieurs paramètres simultanément sur un même échantillon biologique.

De nombreux tests peuvent être mis en oeuvre : Tests enzymatiques, tests cellulaires phénotypiques ou sur cible, interactions protéine-protéine in vitro ou in cellulo, Thermal Shift Assay (TSA) et suivi d’engagement de cible in cellulo par CETSA… L’utilisation de la technologie acoustique « Echo » pour le nanotransfert de liquide permet de tester des molécules en combinaison et en dose réponse.

Dans le cadre d’un accord partenarial, les projets peuvent être poursuivis avec les experts de Ariadne-Criblage vers la caractérisation de cibles et l’optimisation des modulateurs : identification et engagement de cible, chimie médicinale, mesure des propriétés physicochimiques, études ADME et pharmacocinétique chez les rongeurs.

Actus

Les techniciens, ingénieurs et chercheurs d’ARIADNE se sont engagés dans la recherche d’un traitement contre la pandémie Covid-19 :

  • Une molécule active in vitro sur l’infection par SARS-Cov-2 a été découverte par criblage sur cellules d’une librairie de 2000 médicaments sur le système HCS en LNSB3. Cette découverte est issue d’une collaboration avec les Dr Sandrine Belouzard et Jean Dubuisson du Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (IPL) et les chercheurs de la société Apteeus.
  • Le criblage HTS de l’intégralité de la librairie d’ARIADNE (env. 100 000 composés) a permis d’identifier plusieurs séries chimiques actives sur la protéase 3CLPro de SARS-Cov-2 à des concentrations sub-micromolaires. Ce projet est mené avec le Dr Julie Charton de l’unité U1177.

Membres

La plateforme Ariadne-criblage fait partie de l’UMS 2014-US41-Plateformes Lilloises en Biologie et Santé et de l’Infrastructure de Recherche Nationale ChemBioFrance.

Son comité de pilotage associe des chercheurs du Centre d’infection et d’Immunité de Lille : Dr Priscille brodin et Dr Alain Baulard, ainsi que de l’Unité U1177 : Pr Benoît Déprez et Dr Florence Leroux.

Priscille BRODIN
DR Inserm, CIIL UMR9017 U1019

Benoit DEPREZ
Pr Univ Lille, U1177

Alain BAULARD
DR Inserm, CIIL UMR9017 U1019

Florence LEROUX
IR Inserm, U1177

Alexandre VANDEPUTTE
IE Univ Lille, CIIL UMR9017 U1019

Cyril COUTURIER
MCU Univ Lille, U1177

Valentin GUILLAUME
CE IPL, U1177

Julie DUMONT
AI Univ Lille, U1177 

Nathalie DEBOOSERE
CE IPL, CIIL UMR 9017 U1019

Valérie LANDRY
CE IPL, U1177

Adrien HERLEDAN
IE Inserm, U1177

Sandrine WARENGHEM
Tech IPL, U1177

Publications

Lesire, L., Chaput, L., Cruz De Casas, P., Rousseau, F., Piveteau, C., Dumont, J., Pointu, D., Déprez, B., and Leroux, F. (2020).
High-Throughput Image-Based Aggresome Quantification.
SLAS Discov 25, 783-791.

Moraski, G.C., Deboosère, N., Marshall, K.L., Weaver, H.A., Vandeputte, A., Hastings, C., Woolhiser, L., Lenaerts, A.J., Brodin, P., and Miller, M.J. (2020).
Intracellular and in vivo evaluation of imidazo[2,1-b] thiazole-5-carboxamide anti-tuberculosis compounds.
PLoS One 15, e0227224.

Herledan, A., Andres, M., Lejeune-Dodge, A., Leroux, F., Biela, A., Piveteau, C., Warenghem, S., Couturier, C., Deprez, B., and Deprez-Poulain, R. (2020).
Drug Target Engagement Using Coupled Cellular Thermal Shift Assay-Acoustic Reverse-Phase Protein Array.
SLAS Discov 25, 207–214.

Blondiaux, N., Moune, M., Desroses, M., Frita, R., Flipo, M., Mathys, V., Soetaert, K., Kiass, M., Delorme, V., Djaout, K., Trebosc, V., Kemmer, C., Wintjens, R., Wohlkönig, A., Antoine, R., Huot, L., Hot, D., Coscolla, M., Feldmann, J., Gagneux, S., Locht, C., Brodin, P., Gitzinger, M., Déprez, B., Willand, N., and Baulard, A. R. (2017).
Reversion of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis by spiroisoxazoline SMARt-420.
Science 355, 1206–1211.

 

Contact équipe

Florence Leroux
Responsable scientifique

florence.leroux@pasteur-lille.fr