L’Institut Pasteur de Lille face aux défis infectieux

 

Mise à jour : Avril 2021

Depuis plus d’un an, les chercheurs de l’Institut Pasteur de Lille mettent en commun leurs compétences pour affronter une crise sanitaire sans précédent, mobilisés notamment dans la recherche d’un traitement contre la COVID-19. Avec près de 3 millions de décès à l’heure actuelle, le SARS-CoV-2 et ses variants représentent un véritable fléau au niveau mondial contre lesquels les équipes de l’Institut Pasteur de Lille se mobilisent sans relâche. 

Au-delà de l’urgence, cette pandémie montre l’impérieuse nécessité pour nos sociétés de se donner les moyens d’une très grande réactivité face à l’émergence d’agents pathogènes : les virus tels que le SARS-CoV-2 mais également les bactéries hautement résistantes aux antibiotiques. Pour anticiper de prochaines épidémies, l’Institut Pasteur de Lille lance le programme INTHREPIDE avec l’ambition d’une innovation thérapeutique contre les maladies infectieuses épidémiques. Une vision à long terme qui constitue un véritable enjeu de santé publique.

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COVID-19 : le projet THERAPIDE reçoit le label « Priorité Nationale de Recherche »

Après plusieurs mois de recherche et grâce au soutien de donateurs, d’entreprises mécènes et du conseil régional des Hauts-de-France, les équipes de l’Institut Pasteur de Lille (CNRS, Inserm, Université de Lille, CHU de Lille), en collaboration avec la start-up Apteeus ont identifié, au sein de leur chimiothèque, une molécule particulièrement puissante contre le SARS-CoV-2. Les tests in vitro ont montré l’efficacité de cette molécule pour inhiber la réplication du virus. Il s’agit d’un médicament commercialisé en Europe et ayant déjà eu une autorisation de mise sur le marché en France dans une autre indication. Il pourrait donc être repositionné comme traitement de la COVID-19.

Les chercheurs et chercheuses, en collaboration avec des cliniciens infectiologues, statisticiens et médecins généralistes des Hauts-de-France, ont donc conçu un essai clinique pour tester ce traitement expérimental dans la prise en charge précoce des patients COVID, en double aveugle contre placebo. Au regard de l’urgence, l’Institut Pasteur de Lille a sollicité le Comité Ad hoc de Pilotage National des Essais Thérapeutiques (CAPNET), qui s’appuie sur les évaluations scientifiques et méthodologiques réalisées par le Conseil Scientifique de REACTing, pour délivrer un label de « Priorité nationale de recherche » aux études à fort impact potentiel. Le CAPNET a accordé le mercredi 7 avril le label Priorité de Recherche Nationale au projet THERAPIDE. Ce label permet notamment l’accès exclusif à une procédure accélérée d’évaluation du dossier d’autorisation règlementaire par le Comité de Protection des Personnes (CPP) et l’Agence Nationale de Sécurité du Médicament et des produits de santé (ANSM).

L’Institut Pasteur de Lille a mis en œuvre tous les moyens pour accélérer cette recherche et espère, dès les autorisations obtenues, pouvoir débuter cet essai clinique le plus tôt possible, et ce dans d’excellentes conditions opérationnelles, grâce notamment à la collaboration de nombreux médecins généralistes qui assureront l’investigation clinique au domicile des patients, ainsi que des laboratoires de biologie médicale répartis sur le territoire des Hauts-de-France.

L’Institut Pasteur de Lille sur tous les fronts

Depuis le début de la crise sanitaire, les équipes de recherche se sont mobilisées pour lutter contre la COVID-19 avec 4 projets de recherche :

  1. Identifier des médicaments capables d’inhiber le virus SARS-CoV-2 : l’objectif est d’identifier des médicaments «repositionnables» capables de contrôler la réplication du virus et démarrer au plus vite un essai clinique. A l’heure actuelle, un candidat-médicament a démontré son efficacité in vitro. Ce traitement potentiel doit dorénavant faire l’objet d’essais cliniques pour mesurer son utilité dans le traitement de la COVID-19. Le projet vient de recevoir le label « Priorité de Recherche Nationale ».

     

  2. Identifier un médicament capable d’inhiber une grande partie des coronavirus : de nouveaux antiviraux sont indispensables pour combattre les futures épidémies. Parallèlement à la recherche de médicaments repositionnables, la recherche de nouvelles molécules capables de cibler des constituants essentiels au fonctionnement des coronavirus a débuté. L’une des stratégies consiste à s’attaquer à la protéase 3CL,  un constituant essentiel des virus, exprimée sous des formes proches par les membres de la famille des coronavirus. Les molécules sont conçues pour inhiber toutes les formes connues de la protéase, et pourront donc être utilisées contre la COVID-19 mais également contre de futurs coronavirus émergents. Pour ces travaux, l’Institut Pasteur de Lille utilise les technologies les plus modernes et les outils de la chimie médicinale, de la biologie structurale, et de la génomique. Ces nouveaux médicaments nécessiteront un développement préclinique puis des essais cliniques chez l’homme.

     

  3. Repositionner un vecteur vaccinal contre le SARS-CoV-2 : l’objectif est de développer un candidat vaccin spécifique au nouveau coronavirus SARS-CoV-2 en intégrant des antigènes soigneusement sélectionnés.

  4. Evaluer l’efficacité du BCG contre la COVID-19 : l’objectif est de réaliser des essais cliniques visant à évaluer l’efficacité  du vaccin BCG contre la COVID-19. Ce vaccin vivant a montré des résultats intéressants contre d’autres infections respiratoires et pourrait être un atout contre la COVID-19. 

L’Institut Pasteur de Lille a également mobilisé les équipes du Centre Prévention Santé Longévité contre la pandémie : dépistage COVID-19 avec les équipes de Synlab et de Lille Grand Palais, tracing des patients avec la CPAM et l’ARS Hauts-de-France, conseils en mesures sanitaires avec Hello Lille et les entreprises, ainsi que les vaccinations COVID-19.

Anticiper et prévenir les prochaines épidémies

Alors que la COVID-19 continue de faire des victimes, et que de nouvelles mutations du virus rendent extrêmement complexe la gestion de cette crise, il apparaît indéniable que d’autres pandémies sont attendues, liées à des virus émergents et au développement de bactéries multi-résistantes. Pour anticiper et prévenir les prochaines épidémies, la stratégie scientifique de ce nouveau programme se décline en deux axes de recherche : les infections virales et les infections bactériennes.

INTHREPIDE figure désormais au cœur de la stratégie de recherche à l’Institut Pasteur de Lille, aux côtés des autres axes fondamentaux comme la lutte contre la maladie d’Alzheimer, le diabète ou encore les cancers. L’objectif de ce programme est double : lutter contre les infections virales et lutter contre l’antibiorésistance.

 « Pour les futures épidémies attendues dans les années à venir, il est indispensable de mettre tout en œuvre pour prévenir, anticiper et affronter les crises sanitaires avec du matériel de haute technologie et les meilleurs experts scientifiques mondiaux. Le campus de l’Institut Pasteur de Lille est unique en France et constitue un atout majeur pour nos projets de recherche contre la COVID-19 mais aussi face à de nombreux enjeux majeurs de santé publique telle que l’antibiorésistance.  »

Pr Xavier Nassif

Directeur Général - Institut Pasteur de Lille

Deux axes majeurs de recherche

Lutter contre les infections virales

Les recherches à l’Institut Pasteur de Lille visent actuellement à mieux comprendre l’évolution génétique et phénotypique des agents pathogènes, ainsi que leur tropisme, leur cycle de réplication et leur pathogénie. L’objectif étant d’identifier les meilleures cibles à inhiber pour concevoir un antiviral sur les virus connus et circulants. Cet antiviral doit aussi pouvoir être actif sur toute une famille de virus et donc sur de futures espèces à risque d’émergence.

Aujourd’hui, face à la COVID-19, les chercheurs ont expérimenté le repositionnement de molécules pour inhiber le virus, c’est-à-dire tester des molécules déjà utilisées pour d’autres maladies, mais qui pourraient apporter une réponse thérapeutique efficace. Au-delà du SARS-CoV-2 et ses variants, l’objectif du programme est à terme de concevoir des antiviraux dirigés contre l’ensemble des virus de la famille des coronavirus, souvent en cause dans les maladies virales émergentes.

Lutter contre les bactéries résistantes

Concernant les infections bactériennes, la stratégie d’INTHREPIDE vise à identifier de nouveaux antibiotiques, c’est-à-dire de nouveaux agents bactéricides ou bactériostatiques. Cela passe par l’identification de nouveaux composés capables de potentialiser l’action d’antibiotiques par la mise en évidence des agents, dits antivirulents, capables d’inhiber le pouvoir pathogène d’un agent bactérien.

Cette approche doit permettre d’identifier de nouveaux composés capables d’inhiber les mécanismes de résistance aux antibiotiques, ainsi que de nouvelles pistes de traitement des maladies infectieuses.

Le saviez-vous ?

La résistance bactérienne aux antibiotiques est un phénomène préoccupant. La résistance des bactéries aux antibiotiques, appelée antibiorésistance, pourrait devenir l’une des principales causes de mortalité dans le monde avec 10 millions de décès par an à l’horizon 2050.

Une mobilisation des compétences sur le campus Pasteur Lille

Les travaux de l’Institut Pasteur de Lille sur les coronavirus

Au Centre d’Infection et d’Immunité de Lille, l’équipe du Dr Jean Dubuisson travaille depuis plusieurs années sur les coronavirus comme le MERS, apparu il y a une dizaine d’années au Moyen-Orient. Les recherches visent à caractériser les interactions des coronavirus avec les cellules afin de mieux comprendre leur cycle viral et de pouvoir identifier des cibles antivirales. Cette stratégie pourrait déboucher sur la découverte de médicaments innovants contre les coronavirus émergents.

Et depuis le début de la crise, la stratégie adoptée est celle du repositionnement de molécules en utilisant des molécules déjà utilisées pour d’autres maladies, et qui pourraient apporter une réponse thérapeutique contre le SARS-CoV-2, l’agent pathogène de la COVID-19. Avec l’objectif de mettre en place à court terme un traitement capable de soigner les formes graves de la maladie et mettre fin à la pandémie.

Sandrine Belouzard explique : « Nous avons sélectionné des molécules antivirales parmi notre réservoir, et les avons testées sur le virus. Nous étudions comment cet agent pathogène entre dans la cellule et en ressort. La compréhension de ce mécanisme est très précieuse pour se faire une idée précise du mode opératoire du SARS-CoV-2. »

Le Centre de Découverte de Médicaments, atout essentiel dans l’innovation thérapeutique

Le Centre de Découverte de Médicaments réunit une trentaine de chercheurs de haut niveau : chimistes, biologistes, analystes et autres experts, assurant la prise en charge complète des compétences nécessaires à l’élaboration des molécules pour les traitements du futur. La mise en relation de toutes ces expertises permet de concevoir prototypes de médicaments innovants dans des temps de plus en plus restreints.

Aujourd’hui, le centre dispose d’une plateforme de criblage automatisée unique en France et bénéficie de la 1ère chimiothèque d’Europe, qui rassemble 200 000 molécules et composés. Une multiplicité qui permet d’accroître de façon importante le nombre de combinaisons possibles lors de la phase de tests, et qui a permis à la Fondation d’identifier une molécule particulièrement efficace contre le SARS-CoV-2, ouvrant des opportunités de mettre en place un traitement demain.

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Par ailleurs, les chercheurs avancent concrètement dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques, notamment dans le cas des maladies nosocomiales (les infections contractées à l’hôpital). Les recherches sont également élargies aux maladies métaboliques et auto-immunes. C’est ainsi que les équipes ont découvert les premiers inhibiteurs sélectifs de l’Insulin-degrading enzyme et montré que cette enzyme possède des rôles insoupçonnés. Les chercheurs travaillent également sur le diabète de type 2, certaines formes de cancers ainsi que la reconnaissance des antigènes intracellulaires par le système immunitaire et la douleur.

Cette mise en relation de toutes les compétences permet au campus Pasteur Lille de se donner les moyens de ses ambitions à travers ce programme : répondre à l’urgence épidémique d’aujourd’hui, tout en anticipant de manière efficace celles de demain.

Les recherches sur la COVID-19 à l’Institut Pasteur de Lille

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