Microbiote

Le microbiote représente l’ensemble des micro-organismes présents dans notre corps. On parle souvent du microbiote intestinal, mais nous possédons également un microbiote oro-pharyngé, cutané ou encore vaginal. Le microbiote est très complexe ; il y a encore une quinzaine d’années, les chercheurs n’avaient qu’une vision très fragmentée de sa composition.

Aujourd’hui, grâce aux techniques OMICs, dont les nouvelles technologies de séquençage haut débit font parties, les chercheurs se sont aperçus que l’on ne connaissait qu’une petite partie de sa fonction, « c’est à dire le sommet de l’iceberg, toute la partie immergée restant encore à découvrir et à comprendre » explique le Dr Corinne Grangette, Directrice de recherche au Centre d’Infection et d’Immunité de Lille du Campus Pasteur Lille.

Chaque microbiote est unique. Il est constitué par de grands groupes de bactéries, mais sa composition est variable d’un individu à l’autre, un peu comme une « empreinte génétique », souligne le Dr Grangette.

Depuis 50 ans, l’incidence des pathologies chroniques (maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, obésité, diabète, cancers…) augmente, sans doute en raison de changement de style de vie et d’excès d’hygiène. Ces maladies chroniques sont associées à des changements de la composition du microbiote et une chute de la diversité des bactéries: on parle alors de dysbiose. L’enjeu est donc de mieux comprendre ces changements et d’avoir une vision plus claire du rôle du microbiote pour pouvoir y pallier.

Aujourd’hui, les recherches ne permettent pas d’affirmer si les modifications du microbiote sont à l’origine de pathologie ou si la pathologie est à l’origine des modifications du microbiote. « Il est difficile de déterminer qui est la poule et qui est l’œuf » commente le Dr Grangette. Elle explique que le déséquilibre peut être transférable, par exemple si l’on transfert le microbiote d’un donneur obèse dans un hôte stérile c’est-à-dire sain, la pathologie est transférée. « Les échanges sont dynamiques et se font très certainement dans les deux directions, mais les origines restent pour l’heure obscures ». Des polymorphismes génétiques peuvent, par exemple, influencer le microbiote, qui va lui-même influencer la pathologie, c’est un équilibre à deux sens.

Les chercheurs tentent maintenant de cibler les dysbioses du microbiote comme outil thérapeutique. Dans les cas les plus extrêmes, un transfert de flore intestinale peut être réalisé, mais l’utilisation de prébiotiques (fibres non digestives favorisant la croissance de certaines bactéries du microbiote) ou de probiotiques (microorganismes ayant des propriétés bénéfiques pour l’hôte) connaît actuellement un fort engouement. L’équipe du Dr Corinne Grangette se focalise sur l’étude de ces microorganismes probiotiques.

L’équipe dirigée par le Dr Mathias Chamaillard a mis en évidence un rôle déterminant de l’interaction entre l’horloge interne et la flore commensale ce qui ouvre des perspectives encourageantes en chronopharmacologie. Elle a montré qu’une accumulation de bactéries dont l’abondance oscille en fonction du rythme circadien corrèle avec des altérations de l’expression de nombreux acteurs clefs du système d’horloge interne ce qui conditionne de nombreux processus vitaux de notre organisme comme les défenses anti-infectieuses, le métabolisme du glucose et l’efficacité de traitements. Elle a montré l’importance de la composition de la flore intestinale sur les propriétés anti-inflammatoires et anti-prolifératives d’un composé chimique de la famille des flavonoïdes largement présent dans les fruits et légumes et qui se trouve influencer l’horloge interne.