1. Présence et circulation d'eucaryotes pathogènes dans les écosystèmes
La compréhension de la circulation des parasites et champignons pathogènes dans les écosystèmes est une question d'importance cruciale en santé publique. Les recherches de cette unité ciblent les champignons pathogènes des genres Pneumocystis, Aspergillus et Scedosporium ainsi que les protistes du genre Cryptosporidium.
1.1 Histoire naturelle des pneumocystoses
L'objectif est de déterminer le réservoir de Pneumocustis jirovecci, les sources d'infection et les mécanismes impliqués dans l'infection humaine. Nous maîtrisons des méthodes PCR efficaces permettant de détecter Pneumocystis soit chez des patients avec pneumonie à Pneumocystis (PcP), soit chez des sujets sans PcP mais qui sont porteurs du champignon dans leur voie respiratoire. Avec ces méthodes, nous avons montré que l'existence d'une PcP nosocomiale est hautement probable et que les sujets porteurs peuvent le rester pendant 3 à 10 semaines. Plus important, nous avons démontré expérimentalement que P. murina circule par voie respiratoire entre porteurs immunocompétents, ceux-ci pouvant transmettre le micro-organisme à des hôtes susceptibles. Ces résultats incitent à proposer des stratégies de prévention qui ne soient pas exclusivement fondées sur la chimioprophylaxie. Nous avons montré récemment que la compréhension du développement des espèces de Pneumocystis chez des hôtes sains conditionne la clarification de la transition de ces champignons vers la prolifération massive et l'induction de PcP chez les hôtes immunodéprimés. Pour aborder cette problématique nous développons des approches post-génomiques en ciblant les mécanismes de réplication des Pneumocystis spp, les transitions de stade au cours de leur cycle biologique et les rapports de ces processus avec les changements pathologiques associés à la PcP. L'avancement du séquençage du génome de P. carinii, nous permet déjà de développer des approches transcriptomiques et protéomiques en collaboration avec des groupes nord-américains (Cincinnati) et européens (Séville). Grâce à notre maîtrise de modèles expérimentaux sophistiqués développés à Lille, nous pouvons aborder actuellement la divergence du transcriptome/protéome de Pneumocystis en situation de portage ou de pathogénicité.
Finalement, un nouvel axe thématique autour de l'émergence de cas humains de co-infection P.jirovecii - Trichomonas se développe en collaboration étroite avec les Docteurs Christophe Duboucher (CHG St-Germain-en Laye, France) et Eric Viscogliosi (INSERM U547, Lille, France). Sur un plan plus général, le programme Pneumocystis se développe en collaboration avec plusieurs groupes européens et extra-européens et ceci dans des cadres divers. Les principales collaborations concernent l'INSERM U547 (Dr Eric Viscogliosi), l'Université de Cincinnati (Prs. James R Stringer et Melanie Cushion), l'Hôpital Universitaire de Séville (Prof. Enrique Calderon), CBS, Utrecht, Pays-Bas (Prof. Sybren de Hoog), Faculté de Médecine de Santiago de Chili (Prof. Sergio Vargas) et Universidad Nacional Autonoma de Mexico (UNAM, Pr Maria-Lucia Taylor).
1.2 Epidémiologie moléculaire des cryptosporidioses
L'impact actuel de la cryptosporidiose est liée à la nécessité d'évaluer le risque environnemental, notamment hydrique et alimentaire, depuis que des épidémies importantes ont eu lieu aux Etats-Unis, au Royaume-Uni, en Australie et tout récemment en France. Les critères morphologiques sont insuffisants pour distinguer les espèces de Cryptosporidium. En revanche, les outils moléculaires ont permis d'identifier le genre, la plupart des espèces et les variétés infraspécifiques. Ils ont révélé l'existence de l'espèce C. hominis, inféodé à l'homme et peu infectante pour l'animal, et de C. parvum propre au bétail, mais pouvant aussi infecter l'homme. En fait, la situation est plus complexe car d'autres génotypes ont été décrits chez C. parvum et d'autres espèces peuvent parasiter l'homme, un fait bien illustré par nos propres recherches dans des régions développées et sous-développées de la planète. L'équipe est très impliquée dans le réseau national Cryptosporidium organisé dans le cadre du regroupement ANOFEL. Elle a pris en charge l'identification moléculaire d'isolats de la collection nationale, hébergée à Lille, au CHRU. Les approches de génétique des populations sont développées en collaboration avec le Dr Anne Banuls (IRD, Montpellier). Plus récemment notre équipe a développé des nouveaux modèles, très reproductibles, de cryptosporidiose. Ils ont permis de comparer les phénotypes de deux espèces de Cryptosporidium et nous permettront sans doute d'approfondir notre compréhension de la physiopathologie de cette infection.
1.3 Rôle d'antigènes excrétés/sécrétés (E/S) dans l'infection par Giardia intestinalis.
Ce flagellé est le protiste parasite, responsable de diarrhée, le plus fréquent dans le monde entier. Les antigènes E/S de Giardia administrés par voie orale induisent une réponse Th2 associée à une inflammation locale et ils sont la cause potentielle des altérations intestinales causées par la giardose. Ces travaux sont développés en collaboration avec le Dr Juan Carlos Jiménez (Institut de Biomédecine, Caracas, Venezuela) et le Pr. Monique Capron (Inserm U547, Lille, France).
1.4 Epidémiologie moléculaire des aspergilloses et autres mycoses profondes à micromycètes filamenteux.
Certains champignons filamentaux ont la capacité de coloniser puis d'envahir les tissus de sujets affaiblis, immunodéprimés ou atteints d'autres pathologies, comme la mucoviscidose. Ces micromycètes sont cosmopolites, très répandus dans l'environnement et montrent une forte biodiversité génétique. Ils sont responsables de tableaux cliniques plus ou moins sévères qui vont de la simple colonisation pulmonaire asymptomatique à des pathologies invasives engageant le pronostic vital et/ou le pronostic fonctionnel respiratoire. Les pathologies qu'ils induisent dépendent du terrain de l'hôte, mais aussi de facteurs intrinsèques, propres aux espèces pathogènes. En effet, les hôtes sont exposés en permanence à de nombreuses autres espèces fongiques qui semblent incapables d'envahir les tissus des mammifères même si ces derniers traversent des états d'immunodépression profonde. Ce projet explore ces facteurs intrinsèques dans une double perspective. D'une part, en examinant l'émergence du pouvoir pathogène au cours de l'évolution sur la base du polymorphisme des SODs, ces inzymes étant impliquées dans la pathologie ; d'autre part, en déployant une perspective transcriptomique pour approcher le métabolisme fongique anti-stress oxydatif dans le cadre du consortium Aspergillus Transcriptome (Toulouse Génopole). Par ailleurs, le Dr Laurence Delhaes coordonne à Lille un PHRC qui explore le rôle de la flore fongique qui colonise les patients souffrant de mucoviscidose. Une intéressante et fructueuse collaboration avec Tania Sorrel (Westmead, Australia) cible la diversité du genre Scedosporium dans une perspective de génétique de populations. D'autres collaborations se développent avec l'Inserm U 547 (Dr Eric Viscogliosi) et avec le Scedosporium European group coordonnée par le Pr. Sybren de Hoog (CBS, Utrecht, Pays-Bas).
2. Développement de stratégies anti-microbiennes innovantes
ECOPA a caractérisé l'activité anti-Pneumocystis de toxines killer (KT), synthétisées par des levures, et de molécules KT-like (= peptides recombinants et anticorps antidiotypiques qui miment les effets des KTs). Des avancées importantes ont été faits dans la caractérisation d'une toxine glycoprotéique synthétisée par la levure Williopsis-mrackii, de son gène et de ses récepteurs potentiels. Actuellement, le Pr. El Moukhtar Aliouat et ses collaborateurs (Université Lille 2 & ECOPA) évaluent l'activité anti-Pneumocystis de peptides recombinants KT-like développés par le Pr. Luciano Polonelli (Université de Parme, Italie) et d'autres molécules en utilisant des systèmes expérimentaux originaux et en collaboration avec des groupes industriels importants.
3. Maladies parasitaires transmises par les aliments : recherches opérationnelles
En plus des programmes de recherche biomédicale mentionnées, l'équipe a acquis une expérience et expertise considérables dans le domaine des maladies associées à la contamination parasitaire ou fongique des aliments. D'une part, l'équipe a généré des actions de formation continue dans la thématique. D'autre part, elle participe, en collaboration avec des membres de l'Institut Français des Recherches pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), à la détection et l'identification de protistes et métazoaires parasites des poissons et fruits de mer destinés à la consommation humaine dans une perspective d'identification de danger. Le leader du groupe (EDC) est membre des comités d'experts de l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA) et de l'Autorité Européenne de Sécurité des Aliments (AESA). |
