Cette formation a pour but de familiariser les participants ou de les rendre autonomes dans la manipulation des principaux outils proposés : consultation des banques de données et recherche d'information, traitements simples et plus complexes des séquences nucléotidiques (comparaisons de séquences, alignements multiples, annotations et prédictions sur analyses de séquences longues...), utilisation des logiciels disponibles sur le web pour la définition des amorces nucléotidiques.

Pratique des moyens informatiques courants (tableur Excel, internet...).

Chaque module mêlera exposés théoriques et applications pratiques.
Module 1 : banques de données et recherche d'information
Recherche d'information dans les banques de données BLAST, NCBI, GENBANK,...
Evaluer la qualité des informations en fonction de la banque d'origine.
Créer sa bibliothèque de banques selon ses études personnalisées.
Croiser les informations et interroger plusieurs types de banque en même temps.
Rapatrier des banques de données sur son ordinateur ou son serveur afin de créer ou d'associer de nouveaux outils.
Module 2 : Comparaisons de séquences et alignements
Choisir les outils associés (alignement global ou local, Clustal, Dialign...).
Comparer deux séances entre elles ou aligner un grand nombre de séquences issues d'une banque personnelle (alignement multiple).
Trouver des similarités entre une séquence et une banque afin de caractériser la séquence inconnue (matrices de similarité).
Récupérer les logiciels sur son ordinateur et travailler avec une banque personnelle formatée.
Analyser les résultats et éventuellement ne récupérer que les éléments d'intérêts.
Savoir choisir les bonnes options selon les recherches à effectuer.
Module 3 : Annotations et prédictions sur les analyses de séquences longues
Identification des structures génétiques à partir d'une séquence longue issue d'un séquençage puis d'un assemblage : recherche de parties codantes et recherche de motis (promoteurs, introns...).
Choix des méthodes de caractérisation des séquences et analyse des résultats.
Module 4 : Design d'amorces nucléotidiques
Présentation des outils disponibles sur le web (Primers3, OligoArray...).
Choix et définition des amorces nucléotidiques pour la réaction en chaîne du polymérase (PCR) ou pour le séquençage DNA ou par la détection du gène étudié (sonde nucléotidique).
Vérification de la spécificité des amorces définies, de la Tm et des repliements structurales possibles.
LE PLUS
Possibilité de venir avec ses propres séquences.