L'Institut Pasteur de Lille est une Fondation totalement autonome et indépendante. Elle a notamment pour activité le développement des Recherches fondamentales et appliquées sur toutes questions théoriques ou pratiques liées à la santé de l'Homme et de son Environnement, et de leurs conséquences sur la santé publique.
L'Institut Pasteur de Lille est une fondation créée le 9 novembre 1894 par la ville de Lille, à l'aide de fonds recueillis par souscription publique dans les départements du Nord et du Pas de Calais.
La Fondation dite "Institut Pasteur de Lille" a été reconnue d'utilité publique par décret du Président de la République en date du 1er avril 1898 
Pour assurer ses activités de recherche, il doit pourvoir à son propre financement, à côté du financement de l'Etat, des collectivités locales et des contrats industriels.
L'Institut Pasteur de Lille est administeré par un conseil d'administration composé de 23 membres. Il se réunit au moins deux fois par an. Son président est le Maire de Lille, Martine AUBRY.
Le Directeur doit obligatoirement être une personnalité scientifique. Il est nommé pour six ans, son mandat est renouvelable une fois.
Le Directeur actuel est le Professeur Philippe AMOUYEL 