Une fondation privée autonome L'Institut Pasteur de Lille est une fondation privée totalement autonome, membre du réseau international des Instituts Pasteur mais indépendante de l'Institut Pasteur à Paris.
L'Institut Pasteur de Lille a été fondé le 9 novembre 1894 par la ville de Lille, à l'aide de fonds reccueilllis par souscription publique dans les département du Nord et du Pas-de-Calais.
Il a été reconnu d'utilité publique le 1er avril 1898.
La direction Les grandes orientations de développement de l'Institut sont décidées par son conseil d'administration, composé de 23 membres, qui se réunit au minimum 2 fois par an.
Ce conseil est présidé par le maire de Lille, Martine Aubry.
Le directeur doit obligatoirement être une personnalité scientifique. Il est nommé pour 6 ans.
Le docteur Jacques Richir, vice-président du Conseil d'Administration, a été nommé le 16 novembre 2011, Administrateur Délégué de la Fondation.
Le directeur des affaires scientifiques est le docteur Camille Locht.